Als graaf van Holland vormde Willem II een sterk bondgenootschap met Brabant tegen Vlaanderen. In 1247verpandde hij Nijmegen aan de graaf van Gelre. Nijmegen is een Gelderse stad gebleven omdat het pand nooit is ingelost. Willem nam het besluit om zijn hoeve in ‘Haga’ om te bouwen tot een kasteel van waaruit hij efficiënt zijn gebieden kon besturen. Daarmee begon de functie van Den Haag als bestuurscentrum.
Rond 1250 nam Willem het initiatief voor de aanleg van het westelijk gedeelte van de huidige Schielands Hoge Zeedijk (vanaf de Schie bij Schiedam via Kralingen, Capelle aan den IJssel, Nieuwerkerk aan den IJssenaar en Moordrecht tot de Gouwe bij Gouda). Na zijn dood in 1256 werd het werk onder het bestuur van zijn zuster Aleid van Holland voltooid. In navolging van Brabantse steden gaf hij Haarlem (1245), Delft (1246), ‘s-Gravenzande (1246) en Alkmaar (1254) stadsrechten. Alleen ‘s-Gravenzande is later niet uitgegroeid tot een grote stad. In 1248 werden de stadsrechten van Zierikzee door hem bevestigd en uitgebreid. Dat deed hij ook, in 1254, met de Middelburgse stadsrechten uit 1217.
Wapen van Willem II als Rooms-koning
Na de dood van tegenkoning Hendrik Raspe was Hendrik II van Brabant de belangrijkste kandidaat om hem op te volgen. Hendrik weigerde maar stelde zijn jongere neef Willem voor als koning. Op 3 oktober 1247 werd Willem op 20-jarige leeftijd door de aartsbisschoppen van Keulen, Mainz en Trier tot koning van Duitsland uitgeroepen. Paus Innocentius IV steunde de keuze van Willem op 8 november 1247. Willem benoemde een onderkoning voor Noord-Italië en kreeg de steun van Bourgondië. In 1248 veroverde Willem Kaiserswerth, Dortmund en Aken. Op 1 november 1248 werd Willem in Aken gekroond door de aartsbisschop van Keulen. Willem was tegenkoning van Koenraad IV, die op gezag van zijn vader Keizer Frederik II al in 1237 op negenjarige leeftijd tot koning van Duitsland was gekozen.
De macht van Willem was eigenlijk beperkt tot het Rijnland en Zwaben. Dankzij de diplomatieke inspanningen van de paus kreeg Willem in 1252 steun van de Noord-Duitse vorsten en steden. Op 25 januari 1252 werd dit bezegeld door het huwelijk van Willem met Elisabeth van Brunswijk. De belangrijkste afspraken waren:
- Brandenburg kreeg zeggenschap over Lübeck;
- het hertogdom Saksen kreeg het recht om de bisschoppen van Lübeck, Ratzeburg en Schwerin te benoemen;
- Brunswijk, Brandenburg en Saksen kozen Willem formeel tot koning op 25 maart 1252.
Willem verloor echter in 1252 de steun van de aartsbisschoppen van Mainz en Trier over respectievelijk een feodale opvolgingskwestie en een conflict over tolrechten. Na de dood van Koenraad IV in 1254 gaven veel steden hun steun echter aan Willem, in ruil voor behoud van hun privileges.
De graven van Holland hadden Zeeland in leen van Vlaanderen. Omdat Zeeland in Duitsland lag, hadden de (Franse) graven van Vlaanderen het op hun beurt weer in leen van de Duitse koning. Willem gebruikte zijn positie als Duitse koning om Zeeland te onttrekken aan Vlaanderen. Dit leidde in 1253 tot de Slag bij Westkapelle, waar Vlaanderen werd verslagen door een bondgenootschap van Holland, Brabant en Henegouwen.
Als gevolg van deze ontwikkelingen deed Margaretha II van Vlaanderen haar aanspraken op Henegouwen over op Karel van Anjou. Willem steunde zijn zwager Jan van Avesnes tegen Karel en kwam uiteindelijk in 1254 met Lodewijk IX van Frankrijk tot een regeling die Jan het graafschap Henegouwen liet behouden. De aartsbisschop van Keulen had echter partij gekozen tegen Jan van Avesnes en begon onderhandelingen met Ottokar II van Bohemen om hem tot tegenkoning uit te roepen.
Graaf Willem II zakt door het ijs bij Hoogwoud en wordt gedood door de West-Friezen, 1256. (Gravure door J. Kaiser, naar een tekening van H. Craeyvanger, 1284)
Willem II voerde verschillende oorlogen tegen de Westfriezen. Tijdens de veldtocht tegen de Westfriezen zakte hij op 28 januari 1256 bij Hoogwoud door het ijs van het Berkmeer. De Westfriezen vonden hem in machteloze positie en doodden hem. Toen ze doorhadden dat ze de koning hadden gedood, werd Willem begraven onder de haardplaat van een boerderij in Hoogwoud. Pas in 1282 wist zijn zoon, graaf Floris V, zijn stoffelijk overschot terug te vinden, maar niet zonder slag of stoot: Hoogwoud werd geplunderd en de bevolking werd voor een groot deel uitgemoord door de Hollanders. Willem II werd begraven in de Abdij van Middelburg.