In 1529 wordt melding gemaakt van veroordelingen van ketters in Vlaardingen; sommigen worden verbannen. Van een van hen wordt een derde van zijn bezit verbeurd verklaard omdat hij een boek van Luther bezit. Ook zijn hier doopsgezinden.
De Beeldenstorm gaat waarschijnlijk aan Vlaardingen voorbij. Wel worden de kerkschatten en andere zaken uit de kerk verwijderd omdat men bang is dat deze in het strijdgewoel zullen sneuvelen.
In 1572 vervangt men de katholieke pastoor door een protestantse dominee. Katholieken mogen hun diensten alleen nog buiten de stadsgrenzen houden, in kerken in Schiedam en Zouteveen. In 1683 komt er een schuilkerk (een soort huiskerk) in een oude schuur aan het Emaus. De kerk in Zouteveen krijgt in 1741 toestemming het gebouw te renoveren en te verlengen.
Met de Grondwetsherziening van 1848 komt er het recht van volledige vrijheid van kerkinrichting, zodat een katholieke kerk in Vlaardingen weer mogelijk wordt.
Het zal echter tot 1869 duren voordat er een verschijnt: de Sint Joannes de Dooperkerk aan de Hoogstraat. Uiteindelijk komen er vier parochies: Joannes de Dooper, Heilige Geest, Willibrordus en Pax Christi. Zij fuseren in 1999 tot de Willibrordparochie.
Al snel wordt duidelijk, dat van de vier kerkgebouwen er maar twee in stand gehouden kunnen worden. Op 1 januari 2002 is de Willibrorduskerk aan de eredienst onttrokken.
Wat resteert van de voormalige Joannes de Dooperkerk aan de Hoogstraat zijn slechts de de toren met zijn twee klokken, de pastorie en het voorportaal. In de kleine Sint Lucaskerk die tegen de toren aangebouwd is, vinden nog steeds erediensten plaats. In de ruimte onderin de oude toren, de Mariakapel, is een stiltecentrum ingericht dat voor iedereen toegankelijk is.
Afsplitsingen
Na de hervorming ontstaan er diverse afsplitsingen binnen de protestantse kerk. Er zijn rekkelijken (ruimdenkenden) en preciezen (strenge Calvinisten) in de leer. De rekkelijken worden uit de kerk gezet en in 1632 krijgen zij een eigen kerk aan het Achterom: de Remonstrantse Broederschap.
Van de Hervormde Kerk splitsen in 1848 de gereformeerden zich af (Afscheiding) en in 1886 gaat nog een deel apart verder (Doleantie). In 1920 verenigen die twee kerken zich weer. In 1944 volgt een nieuwe scheuring; de Vrijgemaakten splitsen zich af en daaruit ontstaat in 1967 opnieuw een nieuwe kerk, de Nederlands Gereformeerde kerk.
Bijzonder is dat die laatste twee in 2023 weer bij elkaar gekomen zijn om samen verder te gaan als Nederlandse Gereformeerde kerk.
Andere kerken
Van 1862 tot 1920 is er een Joodse gemeente in de stad gevestigd. Eerst worden de diensten gehouden in een kamer van een huis aan de Havenstraat, van 1896 tot 1906 is er een synagoge in een zaal in de Zomerstraat.
In 1978 wordt in de Emmastraat de eerste Turkse moskee geopend, die al snel te klein is. In 1987 opent aan de Oosthavenkade een nieuwe moskee met de naam Eyup Sultan Camii Vlaardingen. Een jaar later verschijnt er een Marokkaanse moskee, genaamd Al Hijra Vlaardingen, in de Arnold Hoogvlietstraat. Nu is deze moskee gevestigd in de Dr. Abraham Kuyperstraat.
Hindoestaanse tempel
In 2006 is de Hindoestaanse Stichting Shri Nanda Devi Mandir opgericht en in 2011 neemt deze geloofsgemeenschap een tempel in gebruik aan de Philips de Goedestraat in de Westwijk.
