Willem keerde in 1191 in Holland terug en raakte in onmin met zijn oudere broer Dirk VII die zijn vader Floris III als graaf van Holland was opgevolgd. Willem zocht daarom steun bij de opstandige Friezen. Omdat Dirk op dat moment niet weg kon uit Zeeland stuurde hij zijn vrouw Aleid met een leger naar West-Friesland. In november 1195 kwam het tot een treffen tussen Aleid en haar zwager Willem. Aleid wist het treffen naar haar hand te zetten door de leiders van Niedorp en Winkel om te kopen. Uiteindelijk werd de ruzie tussen beide broers bijgelegd, en kreeg Willem het bestuur over het graafschap Midden-Friesland.
Hendrik de Kraan, heer van Kuinre, hield plundertochten in Midden-Friesland. Willem nam wraak en vernietigde de Kuinderburcht. Hendrik was leenman van Dirk van Holland, bisschop van Utrecht en oom van Willem en Dirk VII. Dirk VII koos in dit conflict de kant van zijn oom en liet Willem door Hendrik van Kuinre gevangennemen. Willem ontsnapte echter en vluchtte naar Otto I van Gelre, een tegenstander van Dirk VII. In 1197 trouwde Willem te Stavoren met Aleid van Gelre, de dochter van zijn gastheer.
Dirk VII overleed in 1203. Zijn dochter Ada was zijn enige erfgenaam. Zijn weduwe Aleid liet haar onmiddellijk trouwen met Lodewijk II van Loon. Willem maakte ook aanspraken op de opvolging in Holland en zo ontstond de Loonse oorlog. In het begin had Willem de overhand en wist hij Ada gevangen te nemen en Lodewijk en Aleid te verjagen uit Holland. Hij zond Ada naar koning Jan zonder Land van Engeland, ter bewaring.
Lodewijk vormde in 1204 een sterk bondgenootschap met de bisschoppen van Utrecht en Luik, en de graven van Vlaanderen, Namen, Ahr en Berg. Met deze steun kon Lodewijk bijna het gehele graafschap Holland terug veroveren. Maar het lukte Lodewijk niet om zijn bondgenoten te behouden en in 1205 en 1206 kon Willem stukje bij beetje zijn verloren gebieden weer terugwinnen. In 1206 werd een vrede gesloten waarbij Holland werd verdeeld: Willem kreeg Zeeland en het zuidelijke deel van Holland (met name de Groote of Hollandsche Waard), en Lodewijk kreeg het noordelijk deel Holland – de rivier de Maas vormde vermoedelijk de grens. In de praktijk kreeg Willem het snel voor het zeggen in het hele graafschap Holland en heeft Lodewijk geen poging meer ondernomen om hier iets aan te veranderen. In 1213 erkende keizer Otto IV van Brunswijk Willem als graaf van geheel Holland.