Willem van Oranje
In 1544 erfde de elfjarige Willem van Nassau het Franse gebied Orange. Vanaf dat moment was hij prins van Oranje. Keizer Karel V haalde Willem naar zijn hof in Brussel om hem daar een katholieke opvoeding te geven. Karel V wilde namelijk graag dat iedere inwoner van zijn rijk rooms-katholiek was. Daarmee zou de eenheid bewaard blijven.
Een nieuwe religie
Juist in die tijd ontstonden er andere religieuze ideeën, verspreid door Maarten Luther en Johannes Calvijn. Philips II, die zijn vader in 1555 was opgevolgd, was fel tegenstander van dit nieuwe protestantisme. Hij noemde de aanhangers ketters en verbood hen kerkdiensten te houden. De ketters hielden hun preken daarop in de open lucht en noemden deze 'hagenpreken'.
Onrust
In augustus 1566 werd zo'n een hagenpreek gehouden bij de Hoornbrug, georganiseerd door onder andere de eigenaar van Kasteel de Binckhorst, Lodewijk Pous. Na afloop vernielden de toehoorders de beelden uit verschillende katholieke kerken in Delft. Twee voorname Voorburgers sloegen korte tijd later het beeld van Sint Joris in de Oude Kerk stuk.
Harde straffen
Philips II was woedend over de Beeldenstorm. In 1567 stuurde hij de bloeddorstige Hertog van Alva naar de Nederlanden om de daders te straffen. Veel protestanten eindigden aan de galg of op de brandstapel. Lodewijk Pous van De Binckhorst werd verbannen, net als de vernielers van het Sint Jorisbeeld.
Oorlog
Willem van Oranje was het helemaal niet eens met het beleid van Philips II. Hij vond dat mensen zelf moesten kiezen waar ze in wilden geloven. In 1568 vielen de troepen van zijn broers de soldaten van de koning Philips II aan bij Heiligerlee. De Tachtigjarige Oorlog was begonnen.
Katholieken in de knel
In 1573 was er -tegen de zin van Willem van Oranje in- sprake van een omgekeerde situatie: niet het protestantisme, maar juist het katholieke geloof werd verboden! De katholieken moesten hun kerken afstaan aan de protestanten. De laatste katholieke pastoor van de Voorburgse Oude Kerk werd beschuldigd van heulen met de vijand. In 1575 werd hij onthoofd. Gek genoeg mochten katholieken wel nog steeds begraven worden op het kerkhof rond de Oude Kerk. De Voorburgse katholieken kwamen vanaf 1645 bij elkaar in een schuilkerk in het buitenhuis Bijvliet aan het Oosteinde.
Katholieken geven niet op
De Leidschendamse katholieken verloren hun kapel in het begin van de Tachtigjarige Oorlog. Ze kwamen stiekem bij elkaar in boerderijen en schuurtjes. In Wilsveen, bij Stompwijk, was nog wél een kapel. Officieel mochten de katholieken er geen gebruik van maken, maar omdat er nauwelijks protestanten in Stompwijk en Wilsveen woonden, lapten ze deze regel aan hun laars. Er kwamen juist heel veel katholieke pelgrims naar de kapel van Wilsveen, omdat er vroeger een Mariabeeld met genezende krachten in had gestaan.
Peperbus
Ondanks het feit dat het protestantisme officieel staatsgodsdienst was, kregen de Leidschendammers pas in 1653 een eigen hervormde kerk. In 1865 kreeg de kerk het huidige achtkantige dak. Vanaf die tijd draagt hij de bijnaam de 'Peperbus'.